时空组学技术

技术亮点

技术流程

Stereo-seq 芯片上布满了数十亿规则阵列排布的单链线球状 DNA 纳米球（DNA NanoBall, DNB）。DNB 是以单链环状 DNA 为模板、经过滚环扩增（Rolling-Circle Replication, RCR）后得到的产物,每个 DNB 直径为 220 nm，两个 DNB 中心点间距范围为500 nm。通过 DNBSEQ™ 技术对固定在芯片上的 DNB 进行测序，得到 Coordinate ID (CID）信息，CID 和 DNB 坐标位置一一对应，可以通过建立 CID 与坐标位置的映射关系，还原后续捕获到的 mRNA 的空间位置。对照关系保存在时空芯片 CID- 坐标位置对照文件中（Stereo-seq Chip Mask 文件）。DNB 经 Stereo-seq 生化方法合成携带 CID 的 DNB 后链接分子编码（Molecular ID, MID）用于区分不同转录本）和 PolyT，从而实现游离 mRNA 的捕获。标准 Stereo-seq 文库的 CID 序列长度为 25 bp， MID 长度为 10 bp。

技术应用

时空组学技术可从空间维度解析单个组织切片中的所有 mRNA，从而能够在组织原位检测细胞的基因表达及相互作用，获取动、植物器官/组织的空间基因表达模式，进而揭秘生命奥秘，为临床病理的精准诊断铺平道路。目前，Stereo-seq 已被成功应用到动物胚胎发育、植物发育、脑科学、肿瘤等多个不同领域， 并成功发表包括 CNS 在内的60余篇文章。

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