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中疾控组织应急演练!华大智造DE组合野外部署病原宏基因组测序任务达成

时间:2022-12-30作者:华大智造阅读数:5371分享

近日,2022传染病移动监测应急演练在中国疾病预防控制中心昌平园区圆满完成。此次演练由中国疾病预防控制中心卫生应急中心、实验室管理处、以及传染病预防控制所共同组织,旨在演练并评测移动实验室开展传染病监测和病原检测的能力,探索移动式高等级生物安全实验室开展自然疫源性传染病野外监测、病原快速筛查、现场基因测序和分析研判的工作模式。


图:6辆移动式实验室出发应急演练


在为期4天的演练中,华大智造数字化样本制备系统DNBelab-D4与小型化基因测序仪DNBSEQ-E25强强联合,小巧便携、随到随测的性能助力演练队员针对野外采集的鼠类样本顺利完成了鼠疫和炭疽的应急快速检测和测序检测。DNBelab-D4与DNBSEQ-E25大小相当,30厘米见方,插电即可搭配使用。DNBelab-D4开创性地实现“一卡建库,集成定量”,DNBSEQ-E25测序速度快、操作简易,大大降低了基因测序仪的使用门槛。两款产品组合能够实现快速部署并快速处置突发性的单个或少量样本,满足野外环境移动检测的紧急测序场景需求,真正做到了上山下海、开箱即用。


图:演练队员在移动测序车内开展样本宏基因组测序及分析


2022传染病移动监测应急演练的圆满完成也是CLOSS模型的又一次成功实践。CLOSS为Co-Localization of Sampling and Sequencing的缩写,CLOSS模型由中疾控移动实验室监测专家团队提出,是指在开展野外环境病原体检测中,利用移动测序车在现场点完成采样和测序工作,并且是通过高通量宏基因组测序技术,在野外就地对野生动物携带病原体进行检测,通过移动实验室的转移开展多点连续监测,从而扩大监测面,能够对多种病原体及其环境分布情况进行调查。


图:CLOSS模型野外采样、基因组测序及病原检测流程


CLOSS模型通过建立移动实验室,可以实现流动监测,在采样地直接开始检测,节省时间,避免样品运输带来的生物安全问题,扩大监测覆盖度;且在移动监测中开展高通量宏基因组测序,可以实行病原一网打尽式的检测,突破目前检测中仅针对固定病原检测、缺乏多病原筛查和整体数据的限制。华大智造DE高通量测序产品组合(DNBelab-D4+DNBSEQ E系列测序仪)小型便携、准确度高、速度快、操作简易,完美匹配在移动监测中开展高通量宏基因组测序的场景需求。


2021年9月,中国疾病预防控制中心联合内蒙古疾病预防控制中心,在内蒙古自治区组织了首次传染病移动监测应急演练。该演练是CLOSS模型的首次成功实践,也是华大智造DE高通量测序产品组合首次助力高通量宏基因组测序移动快速部署的成功尝试。


在该演练对啮齿类动物体内的鼠疫耶尔森菌进行病原学调查的过程中:采用传统的调查技术,调查团队并没有在啮齿类动物样本中检测到鼠疫耶尔森菌;但对两例啮齿类动物样本进行宏基因组高通量测序后,在这两例样本中都发现了巴尔通体序列。并且,通过实时荧光PCR的方法进行了进一步的验证,确定了巴尔通体的存在。


凭借便携、易用、快捷的高通量测序仪,疾控专家们首次完成了在野外通过高通量宏基因组测序对野生动物携带病原体的调查,实现了针对自然疫源性传染病病原菌的野外环境中测序监测。调查团队表示,“华大智造DE高通量测序产品组合便携灵活的特点,很适合传染病暴发事件的快速基因测序和应急处置的需求。”


经过多次演练及成功实践,CLOSS模型未来计划整合进国家致病菌识别网,在多个网络节点(也就是多地野外环境中)实现对野外病原菌流行情况的实时监测和调查,可做为致病菌识别网监测中深入野外的灵活触角,是对疫情监测多点触发的有效补充。


病原学监测预警离不开先进技术、核心工具的助力。华大智造致力于成为“生命科技核心工具缔造者”,凭借多年的行业深耕与技术积累,形成了病原微生物测序一站式产品组合。该组合可满足病原微生物全基因组测序、靶向测序和宏基因组测序全流程、不同应用场景的需求,为病原微生物的监测和预警提供国产化核心工具,保障国家生物安全、守护人民健康。


图:华大智造病原微生物测序一站式产品组合


参考文献:

[1] Xin Lu, Yao Peng, Yuanyuan Geng, Hongqun Zhao, Xiaona Shen, Dongmei Li, Zhenpeng Li, Liang Localization of Sampling and Sequencing for Zoonotic Pathogen Identification in the Field Monitoring Using Mobile Laboratories[J]. China CDC Weekly, 2022, 4(12): 259-263. doi: 10.46234/ccdcw2022.059

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