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世界粮食日 | 华大智造与澳洲两所高校发起「抗微生物药物耐药性监测科研项目」

时间:2023-10-16作者:华大智造阅读数:3103分享

2023年10月16日是第43个世界粮食日, “Water is life, water is food. Leave no one behind.” 是今年世界粮食日的主题,旨在呼吁各国携手合作,为食物、人类和地球的未来采取水资源保护行动,为所有人创造一个更美好、更可持续的粮食未来。



华大智造与澳大利亚昆士兰大学,阿德莱德大学携手发起一项面向全球博士研究生的科研项目,将基于华大智造ATOPlex和测序平台监测在水环境中的抗微生物药物耐药性,旨在通过监测抗生素耐药细菌(ARB)和抗生素耐药基因(ARG)在污水中的传播情况等指标,可以评估污水排放对环境的影响为污染治理和生态系统保护提供依据。同时,该项目将开发一个基于组学的框架来评估ARG的风险。该项目预计2024年1月正式开始,现已开放申请。


华大智造总裁余德健表示:“受污染的水会带来食品安全问题和健康风险,损害健康和福祉。伴随高通量测序技术的广泛应用以及测序成本的降低,从根本上对水质、土壤等进行监测和管理成为可能,华大智造能为抗微生物药物耐药性和水环境监测提供先进的技术和工具,助力科研人员实现动态监测、科学研判。”


致力于成为“生命科技核心工具缔造者”,华大智造ATOPlex平台采用自主研发的单管超高重PCR技术,可提供个性化的多重PCR引物池,以及包括对应的扩增体系在内的一整套靶向建库试剂。

华大智造ATOPlex平台采用定制化方案,能够满足粗样本(如血斑裂解液)直接进行特异性扩增目标基因的需求,支持检测点突变、小的插入缺失、拷贝数变异、STR和固定Fusion。在靶向测序方面,表现出优异的性能,现已全面覆盖DNA、RNA和甲基化靶向捕获三个方向,适用于分子育种、遗传病研究、公共卫生等多种方向的应用。


海洋生态环境监测内容包括但不限于水质、土壤、大气和生物等方面,也包含了对核污染水排放区域的生物多样性进行监测。


目前,华大智造基于ATOPlex多重PCR技术和DNBSEQ测序平台,正在开发一套环境DNA宏条形码测序组合产品,搭配自主研发的自动化样本制备系统与分析软件,可覆盖从样本到分析结果全流程,实现环境DNA一站式监测。华大智造环境DNA宏条形码测序组合产品可实现识别环境样本(水体、土壤和沉积物等)中的微生物、植物、藻类和动物种类,具有不损害生物机体、不受生物发育时期限制、灵敏度高、物种覆盖广、分析功能强大等特点,为核污水排海后的生态系统生物多样性监测提供强大工具支撑。


前期,在新冠污水监测方面,澳大利亚、南非等多个国家的研究机构也基于华大智造的DNBSEQ测序平台开展了多个项目。比如,澳大利亚水管理高等研究中心曾基于华大智造ATOPlex 技术,实现了城市污水中的SARS-CoV-2高敏感度、高通量定量分析,以及溯源病毒系统发育信息[2]。今年2月底,在布里斯班南部的污水中检测到了新冠病毒,这比疫情的暴发提前了3个星期,6例阳性样本都通过基因测序进行了确认[1]。


澳大利亚卫生部门在抵澳航班的厕所排出的污水中检测到了新冠病毒,通过测序结果发现其与Omicron (B.1.1.529)谱系一致,基于华大智造ATOPlex方案检测出Omicron所有突变(~99%全基因组覆盖)[3]。


此外,南非医学研究理事会(SAMRC)基于华大智造ATOPlex 技术,在开普敦市国际机场收集的12个废水样本中检测出含有Omicron病毒的样本,这是在Omicron变异株公布之前,首次检测出的Omicron病毒。


水是生命之源,水是粮食之本。华大智造作为生命科技上游工具企业,将持续为造福全球研制先进工具,积极履行社会责任,为基因科技普惠展现担当、贡献应有之力。


参考文献:

[1] Ahmed W, Tscharke B, Bertsch PM, et al. SARS-CoV-2 RNA monitoring in wastewater as a potential early warning system for COVID-19 transmission in the community: A temporal case study.Sci Total Environ. 2021;761:144216.

[2] Ni, G., Lu, J., Maulani, N., Tian, W., Yang, L., Harliwong,I., Wang, Z., Mueller, J., Yang, B., Yuan, Z., Hu, S., & Guo, J. (2021). Novel Multiplexed Amplicon-Based Sequencing to Quantify SARS-CoV-2 RNA from Wastewater. Environmental Science & Technology Letters.

[3] Ahmed W, Bivins A, Smith WJM, et al. Detection of the Omicron (B.1.1.529) variant of SARS-CoV-2 in aircraft wastewater.Sci Total Environ. 2022;820:153171.

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