通过纳米孔测序平台，能够实现一次性获得没有gap和N碱基的完整细菌基因组图谱。虽然高通量测序准确率高，但由于其读长较短，难以解决细菌基因组中重复区域与高GC区域组装困难的问题，需要借助PCR扩增、Sanger测序等方式填补组装后基因组中的gap。

华大序风纳米孔测序技术充分发挥了长读长的优势，轻松跨越细菌基因组中的复杂结构，使得组装流程更为简单，提高了组装的连续性，生成完整的基因组组装结果。在深入研究重复区域、功能及适应性方面也更有优势，可完美应用于微生物基因组结构和功能分析。

实验方案

样本类型：纯白链霉菌的单菌培养菌液、家蚕芽孢杆菌的单菌培养菌液

文库制备：纳米孔测序文库制备试剂套装
测序平台：华大序风纳米孔测序平台

数据分析：Unicycler组装算法

实验流程

测试结果

① 核酸提取结果

使用E.Z.N.A.® Bacterial DNA Kit对2个样本进行DNA提取，获得了高质量的DNA。

图1. 纯白链霉菌、家蚕芽孢杆菌样本DNA质量图

② 测序数据

两次测试中华大序风纳米孔测序平台单张芯片产出分别是21.79Gb，17.46Gb；测序12小时产出10Gb数据量，数据产出稳定。

图2.1 纯白链霉菌样本测序数据产量（Gb）

图2.2家蚕芽孢杆菌样本测序数据产量（Gb）

华大序风纳米孔测序平台测序数据：其中，家蚕芽孢杆菌样本reads N50长度为7kb，最长reads达到106.6kb，两个测试样本的基因组的覆盖度均达100%。

图3.1 纯白链霉菌样本测序数据reads长度（kb）分布情况

图3.2 家蚕芽孢杆菌样本测序数据reads长度（kb）分布情况

图4.1  纯白链霉菌样本测序数据>20kb reads长度（kb）分布情况

图4.2  家蚕芽孢杆菌样本测序数据>20kb reads长度（kb）分布情况

③ 细菌完成图

利用华大序风纳米孔测序平台长读长优势，不仅可以组装得到闭合环形完整基因组的圈图，同时可以得到纯白链霉菌、家蚕芽孢杆菌样本的全部质粒信息。

图5.1 纯白链霉菌完成图图谱

图5.2 家蚕芽孢杆菌完成图图谱

④ 功能注释分析基于华大序风纳米孔测序平台长读长技术获得的完整基因组，开展纯白链霉菌、家蚕芽孢杆菌NR-GO-COG-KEGG-SWISS等多数据库注释，可以获得多角度详实准确的功能注释信息。

图6.1 纯白链霉菌NR-GO-COG-KEGG-SWISS注释VENN图

图6.2 家蚕芽孢杆菌NR-GO-COG-KEGG-SWISS注释VENN图

测试结论

此次测试结果显示，华大序风纳米孔测序平台充分发挥了长读长测序优势，提高了组装的连续性，完成对细菌基因组中复杂结构测序及组装，生成完整的基因组组装数据。