近期,华大智造与行业同仁共同发起了一份关于「可靠」的倡议,希望向业界表达「中国智造,不止可靠」的信心与承诺。
理解生命、敬畏生命
在探索生命奥秘的道路上
我们共同倡议:
让可靠,根植于行业DNA
为用户提供更安全、更高质量、更易用的服务
让生命可测、普惠人人的梦想成为现实
让我们共同创造更公平的行业环境
创造更开放的业界生态
创造多组学共融的崭新世界
继华大科技、吉因加、极智生物、中合基因、伟禾生物、凌恩生物、臻和科技、爱基百客、美格基因、微岩医学、格致博雅、中科基因、细胞生态海河实验室、成都大熊猫繁育基地、迈维代谢、纳昂达、翌圣生物、西部(重庆)科学城种质创制大科学中心、优迅医学、欧易生物、解码生物、世和基因、天闰尚检、金凤实验室细胞多组学平台、广科安德、影子基因、智数生物、易基诺科技等28家不同领域的企业发出可靠宣言倡议外(以上排序不分先后),又有北京大学生命科学学院公共仪器中心蛋白核心支撑平台、微基因2家平台及企业加入这一行列(以上排序不分先后),越来越多的用户集体发声:共盼一个更加开放、公平、双赢的业态!
以下原文转载自北大生科院仪器中心公众号:
2021年7月,北京大学生命科学学院公共仪器中心蛋白核心支撑平台(隶属国家蛋白质科学研究中心北京大学分中心,以下简称“蛋白平台”)与华大智造达成合作,搭建了基于DNBSEQ技术的高通量测序平台。
北京大学生命科学学院以解析生命过程的动态调控的普适性基本规律为长远目标,利用学科交叉的生命科学前沿技术,强调在复杂科研场景中的适应性、数据的精准性以及对前沿科研的响应能力,提升在医疗健康和现代农业等领域的应用。
在基因测序设备领域深耕且具有近十年技术沉淀的华大智造,构建了以“全读长”(SEQ ALL)的全流程工具矩阵,是当前全球唯一具备“激发光”、“自发光”、“不发光”三种不同测序路径的机构。能够深刻理解全球科研机构的定制需求,快速响应,助力科研机构突破瓶颈、探索新领域,取得突破性成果。
目前蛋白平台已拥有MGISEQ-2000和DNBSEQ-T7两种机型的测序仪,为多项重大科研成果提供了重要技术支撑。以下几篇代表性论文反应了精准、稳定的仪器设备在科研中的关键作用。
Nature | 何爱彬团队利用全景单细胞组蛋白修饰实现胚胎发育谱系追踪
2025年2月26日,北京大学何爱彬团队于Nature在线发表了题为:“Genome-coverage single-cell histone modifications for embryo lineage tracing ”的文章。
在华大智造的MGISEQ-2000基因测序仪上,协助何爱彬团队完成了全新TACIT(Target Chromatin Indexing and Tagmentation)技术系列优化,开发了基于单细胞表观多组学技术CoTACIT(Combined assay of Target Chromatin Indexed and Tagmented),首次构建小鼠胚胎植入前连续时间多维组蛋白修饰图谱和表观细胞谱系树。
(图1.MGI-2000测序仪)
(图2. 以scRNA-seq数据为纽带整合了多模态组蛋白修饰数据分析流程图)
Cell | 徐成冉组揭示单细胞分辨率下内胚层器官发生的时空轨迹与遗传谱系
2025年1月16日,北京大学基础医学院徐成冉课题组在Cell发表了题为“Spatiotemporal and genetic cell lineage tracing of endodermal organogenesis at single-cell resolution”的研究论文。
利用华大智造MGISEQ-2000基因测序仪的双端PE100完成单细胞转录组测序(scRNA-seq)和时间序列成像技术,整合遗传追踪,对14个内胚层亚区进行了精确的谱系追踪和空间分布分析。提出了新的内胚层细胞分化模型,为经典的细胞分化模型提供了全新视角;为发育生物学和再生医学研究提供了重要的理论支持。
胡家志组解析哺乳动物DNA复制叉的空间构型
北京大学生命科学学院胡家志课题组开发的新型的与DNA复制相关的原位HiC(Repli-HiC)的高通量测序方法,其中大部分的高质量数据在华大智造MGISEQ-2000测序平台完成,采取 2x 150 bp测序技术。
蛋白平台与深圳华大智造合作搭建的高效快速测序平台,支撑课题组2024年3月15日在《Science》发表了题为Fork coupling directs DNA replication elongation and termination的研究论文。建立了首个检测DNA复制叉附近染色质相互作用的方法。
(图1:Fun算法鉴定到的染色质喷泉位点在基因组上的分布情况)
汪阳明组Nature子刊发布重要成果:新的线粒体碱基编辑器
北大未来技术学院汪阳明实验室在鉴定一种新的双链DNA脱氨酶同源物(Ddd_Ss)时,使用了蛋白平台的MGISEQ-2000测序仪完成Detect-seq实验,开发了高效的胞嘧啶碱基编辑器(DdCBE_Ss),成功地在多个mtDNA位点引入突变,包括与疾病相关的突变。
该成果于2023年2月16日在《自然-通讯》( Nature Communications )发表题目为“DddA homolog search and engineering expand mitochondrial base editing” 的论文。为未来筛选和工程化双链DNA碱基编辑器提供了资源,有望推动生物学和医学领域的广泛应用。
(图1. DddA羧基端序列的重要性(a),三种不同来源的DddA的序列偏好(b),及经Ddd_Ss衍生的线粒体碱基编辑器编辑后的细胞线粒体功能分析(c,d))
伊成器组揭示线粒体编辑器具有广泛的核基因组脱靶编辑
华大智造MGISEQ-2000测序仪在蛋白平台安装试运行期间,完成了伊成器课题组基于靶向的深度测序,支撑课题组详细评估了DdCBE在人类细胞系中的核基因组脱靶编辑效应。
相关实验结果发表在《Nature》,名为“Mitochondrial base editor induces substantial nuclear off-target mutations”的研究论文。对于推动基因编辑技术在治疗线粒体疾病方面的应用提供了重要的理论依据。
(图1 ARABIC1DdCBE能够产生广泛的核基因组脱靶编辑)
国产仪器平台的展望
展望未来,北京大学生命科学学院将继续与华大智造携手,共同推动国产仪器平台的创新与发展。我们期待国产仪器设备在以下方面实现更大突破:
01技术性能的持续提升:
通过技术创新,进一步提升仪器设备的灵敏度、精度和稳定性,满足前沿科研的更高要求。
02应用场景的拓展:
开发适用于多学科交叉研究的仪器设备,推动科研成果的跨领域应用。
03智能化与自动化:
结合人工智能与大数据技术,实现仪器设备的智能化操作与数据分析,提高科研效率。
04国际化合作与推广:
推动国产仪器设备走向国际舞台,提升中国科研设备的全球影响力。
让我们共同创造更公平的行业环境
创造更开放的业界生态
创造多组学共融的崭新篇章
精彩文章链接:
https://mp.weixin.qq.com/s/jFgyISIASLDj1v0XKBCPaw
Nature | 何爱彬团队利用全景单细胞组蛋白修饰实现胚胎发育谱系追踪
https://mp.weixin.qq.com/s/16YtBLj6Ua6fi5Y8X33i4A
Cell | 徐成冉课题组揭示单细胞分辨率下内胚层器官发生的时空轨迹与遗传谱系
https://www.ebiotrade.com/newsf/2023-2/20230217233523064.htm
中国学者Nature子刊发布重要成果:新的线粒体碱基编辑器
https://mp.weixin.qq.com/s/US9rrI-3zECXGtZgekSKow
Science | 生命学院胡家志等解析哺乳动物DNA复制叉的空间构型
http://www.pepge.pku.edu.cn/lndex/scientific/cid/12/id/2959.html
伊成器课题组揭示线粒体编辑器具有广泛的核基因组脱靶编辑