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英国皇家学会院士Rajeev Varshney教授:基于华大智造全流程测序设备先进平台,充分释放农业基因组学潜力

时间:2023-07-26作者:华大智造阅读数:4443分享

7月24-26日,联合国粮食体系峰会阶段成果总结推进大会在意大利罗马举行,各国代表集思广益,为应对农业粮食体系转型过程中面临的多重挑战贡献智慧。农业基因组学为应对人口和气候变化的挑战提供创新解决方案,发展前景非凡。


过去十年里,基因测序技术的发展极大地惠及了农业生产和粮食安全。借助测序技术,科学家不仅能够更深入地了解作物性状,而且还能根据遗传信息培育出具有高产耐旱等优良特性的品种。来自莫道克大学未来食品研究院的Rajeev Varshney教授与华大智造多年来通过基因测序技术共同开创局面,不仅使人们更好地了解作物性征,加速现有育种计划,促进农业发展,并为全球可持续粮食系统做出贡献。



解码孤生作物,奠定合作基础


自成立以来,华大智造一直与英国皇家学会院士、西澳大利亚莫道克大学未来食品研究院作物与食品创新中心主任Rajeev Varshney教授保持深入合作关系。Varshney教授是全球农业基因组学领军人物之一,在基因组和遗传多样性、分子育种、种子系统及产能提升等研究领域具有显著影响力。他曾在印度国际半干旱地区热带作物研究所(ICRISAT)工作,致力于为亚非主要孤生热带作物建立基因组资源和遗传分析体系,从那时起,他就接触到DNBSEQ™测序技术,多年来与华大智造的合作也在不断加深。截至目前,Varshney教授与华大智造已合作发表超过17篇论文,其中7篇发表在《自然》等CNS期刊。




木豆是众多发展中国家的重要粮食作物。2011年,Varshney教授在ICRISAT工作期间牵头对木豆进行基因组测序,并发布了该作物的参考基因组,其研究成果被广泛用于遗传学和生物学研究。鹰嘴豆作为蛋白质的重要来源,产量在全球豆类中位列第三。但是在过去的五年里,全球豆类作物产量停滞不前,发展中国家人民营养不良程度增高,极端天气例如干旱和高温导致全球鹰嘴豆产量锐减70%。2021年,Varshney教授带领团队对3366个鹰嘴豆基因型进行了大规模测序,绘制了鹰嘴豆遗传变异的完整图谱。Varshney教授介绍,该图谱有助于遗传差异识别、遗传进化分析和候选基因的预测,科研人员在孤生豆科作物中获取了高质量的基因组资源,将有利于识别与耐旱性相关的基因。这些基因被用于在印度、埃塞俄比亚、肯尼亚和坦桑尼亚培育优良品系,通过对这些品系的多地点测试,改良后的10多个耐旱和抗虫病品种已在多个发展中国家注册上市。




值得一提的是,这两年,Varshney教授继续深化研究,基于华大智造独有的DNBSEQ™测序技术及其低错误率、低重复率、低标签跳跃率的优势,开始对10225个鹰嘴豆基因型进行测序。去年,Varshney教授在莫道克大学使用华大智造超高通量基因测序仪DNBSEQ-T7,又新增了26个个体的stLFR (single tube Long Fragment Read) 数据,用于基因组组装和泛基因组构建,数据产出高效准确,为研究提供了可靠的依据。



对于许多发展中国家来说,以较低的成本获得优质的测序数据进行作物改良的能力对于解决农业生产力下降的许多因素至关重要。在这方面,华大智造经济高效的测序技术正在帮助客户与合作伙伴增进对农业基因组学的理解,开发重要粮食作物的宝贵基因组资源,消除世界饥饿。


共建尖端的基因组学研究平台 释放果树园艺潜能

园艺业是澳大利亚第三大农业产业。作为园艺作物的主要出口国,澳大利亚一直在支持抗病耐旱作物的生产与种植,提升农业种植者的盈利能力和生计水平,力争在全球保有行业竞争力。当地园艺作物种植者也在注重学习调整种植技术,力求以低成本高效率提高作物产量。然而由于高昂的测序成本限制,一些果树园艺作物如香蕉、菠萝、木瓜、释迦果和百香果,要么缺乏基本的基因组数据,要么没有被列入育种计划,其品种和产量改进存在挑战,而成本一直是将基因组学广泛应用于这类作物改良中的主要障碍。基于华大智造的DNBSEQ™高通量测序平台、高质量的数据产出和高效一体化工作流程将有望改变这一现状,充分释放农业基因组学的潜力。


今年,华大智造与Varshney教授的合作开启了新高度。在他的牵头实施下,莫道克大学西澳农业生物技术中心 (SABC) 正在建立先进基因组学平台(Advanced Genomics Platform),以进一步研究作物基因组学。该计划目标是研究植物细胞中的遗传物质,以提高香蕉、菠萝、木瓜、释迦果和百香果五种水果的品质和抗逆性。项目研究所得的基因数据和信息将通过公共数据库提供给育种者和种植者,使他们能够更快地了解作物相关性征,并最终实现在更短的时间内开发出更高产的品种,使种植者受益。该平台之后将可用于其他大田和园艺作物改良计划。




华大智造MGISP-960高通量自动化样本制备系统、DNBSEQ-T7超高通量基因测序仪和ZTRON基因数据一体机组成的一站式工作流程正式入驻莫道克大学实验室,为先进基因组学平台的搭建提供智能平台支撑。Varshney 教授表示,DNBSEQ-T7灵活高效和超高通量等优势(每天高达7TB)将在这项研究中发挥重要作用。借助DNBSEQ™测序平台更深入、快速和更准确的测序工作流程,他们将对这五种作物进行全基因组测序数据组装和种质资源全基因组测序。他和团队期望未来可以以更低成本分析更多的样本数量,发掘更多研究可能性。


Varshney 教授说:“在与华大智造的持续合作中,我见证了华大智造测序技术的不断发展。利用华大智造核心DNBSEQ™测序技术,我们可以在相对较短的时间内以较低的成本对成千上万个基因组进行测序。华大智造的超高通量基因测序仪和自动化设备在加速基础科学以及基因组学的实际应用,改善发达国家和发展中国家农业发展发挥着关键作用。华大智造不仅仅是基因测序设备提供商,更是赋能科学家推动科学发展的重要合作伙伴。”


展望未来,华大智造将继续助力Varshney教授及其团队在莫道克大学培育优质、安全和可持续的农作物产品,利用前沿、创新的生命科学核心工具提高澳大利亚农业,如大田和园艺作物的全球竞争力。放眼全球,作为生命科学创新领域值得信赖的合作伙伴,华大智造也将持续推动农业基因组学研究和产业发展,帮助各地种植者克服挑战,提高重要作物的性能和价值,增强全球粮食安全保障能力。

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